本署現行組織，置署長1人、副署長2人、研究委員、主任秘書1人，設綜合規劃、通關業務、關務查緝、稽核業務、稅則法制、關務資訊等6組；秘書、人事、會計、統計、督察、政風等6室。各組室下得分科辦事。 本署下轄基隆、臺北、臺中、高雄等4關，各關視業務需要，分設行政與業務單位，並於轄區內之輔助港、機場、郵局、貨櫃集散站內共設有10個分關，便利商民辦理各項通關手續。 組織職掌 署長 副署長(第一職務代理人) 副署長(第二職務代理人) 研究委員 主任秘書 政風室 督察室 會計室 人事室 統計室 秘書室 通關業務組 關務查緝組 稽核業務組 稅則法制組 關務資訊組 綜合規劃組 基隆關 臺北關 臺中關 高雄關
