本署現行組織，置署長1人、副署長2人、研究委員、主任秘書1人，設綜合規劃、通關業務、關務查緝、稽核業務、稅則法制、關務資訊等6組；秘書、人事、會計、統計、督察、政風等6室。各組室下得分科辦事。
本署下轄基隆、臺北、臺中、高雄等4關，各關視業務需要，分設行政與業務單位，並於轄區內之輔助港、機場、郵局、貨櫃集散站內共設有10個分關，便利商民辦理各項通關手續。
組織職掌
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本署現行組織，置署長1人、副署長2人、研究委員、主任秘書1人，設綜合規劃、通關業務、關務查緝、稽核業務、稅則法制、關務資訊等6組；秘書、人事、會計、統計、督察、政風等6室。各組室下得分科辦事。
本署下轄基隆、臺北、臺中、高雄等4關，各關視業務需要，分設行政與業務單位，並於轄區內之輔助港、機場、郵局、貨櫃集散站內共設有10個分關，便利商民辦理各項通關手續。
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