稽核業務組掌理有關估價制度及法規之研訂、事後稽核、保稅業務及自由貿易港業務等事項，分設4科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 組長室 |
綜理稽核業務組業務。 |
2700 |
| 副組長室 |
襄理稽核業務組業務。 |
2701 |
| 副組長室 | 襄理稽核業務組業務 |
2702 |
| 簡任稽核室 |
複核稽核業務組業務。 |
2705 |
| 簡任稽核室 |
複核稽核業務組業務。 |
2712 |
| 估價企劃科 |
估價制度及法規之研訂、價格資料庫規劃及管理、每旬報關匯率編製等。 |
2703 |
| 事後稽核科 |
稽核法規之研擬及修訂、稽核業務之規劃分析、選案交查等。 |
2780 |
| 保稅業務科 |
保稅工廠、保稅倉庫、免稅商店、離島免稅購物商店、物流中心、加工出口區與海關有關部分、科學園區與海關有關部分、農業科技園區與海關有關部分、保稅法規之訂定及修正、其他有關保稅等事項業務。 |
2751 |
| 自貿業務科 |
自由貿易港區及其他免稅區之關稅政策研擬、通關作業程序規劃、法令訂定、修正、解釋及相關業務之督導。 |
2724 |