綜合規劃組掌理有關國際事務、企劃、考核、特別關稅等事項，分設4科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 組長 |
綜理綜合規劃組業務。 |
1080 |
| 副組長室 |
襄理綜合規劃組業務。 |
1081 |
| 簡任稽核室 |
複核綜合規劃組業務。 |
1023 |
| 簡任稽核室 |
複核綜合規劃組業務。 |
1042 |
| 國際事務科 |
世界貿易組織(WTO)、世界關務組織(WCO)及亞太經濟合作(APEC)等國際組織相關事項之辦理、關務制度國際接軌之協助推動、各國海關交流合作與聯繫事項等。 |
1038 |
| 特別關稅科 |
關於課徵平衡稅及反傾銷稅之調查、審核；特別關稅相關法規之研議；WTO反傾銷協定委員會、平衡稅與補貼協定委員會相關事宜等。 |
1056 |
| 企劃科 |
施政計畫、為民服務工作計畫、服務品質計畫、內部控制制度、及研究發展業務之研擬；關務會報、業務檢討會之籌辦；整合服務效能、人民申請案件處理期間表、工作手冊及權責劃分之檢討修正；陳核公文之核稿作業等。 |
1223 |
| 考核科 |
施政計畫、特定專案計畫、為民服務工作、內部控制、研究發展業務之追蹤管制；辦理關務業務、為民服務、整合服務效能及公文時效品質考核；民意代表關切案件、監察院管制案件、人民陳情案件之管控等。 |
1034 |