秘書室掌理有關文書、公關、檔案、出納、事務等事項，分設5科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 主任室 | 綜理秘書室業務。 | 1300 |
| 簡任稽核室 | 襄理秘書室業務。 | 2101 |
| 簡任稽核室 | 襄理秘書室業務。 | 1302 |
| 文書出納科 | 本署公文總收文及發文(含監察院及民意信箱)、刊登行政院公報之公文處理、各單位文稿陳核、印信管理、薪資及各項生活補助之發放、所得稅代扣繳、零用金支付、相關帳務登錄等 | 1305 |
| 公關科 | 服務中心業務；多媒體(DVD)簡報製作；處理民意代表關切案件及辦理情形追蹤；民意代表、監察委員考察行程安排及接待參訪外賓；辦理關務會報、記者會等。 | 2102 |
| 檔案科 | 檔案點收分類編案編目建檔及追蹤、機密檔案歸檔及檢討、檔案整體(含資訊化作業)規畫及考核、檔案保管及安全維護等。 | 1410 |
| 事務科 | 各項財物工程及勞務採購、財產及物品管理、技工友管理、車輛調派管理、互助金帳務管理等。 | 1313 |
| 營繕科 | 宿舍、空調、消防、電機及土木工程等營、修繕業務、未達公告金額之工程採購及營繕小額採購等業務。 | 1350 |