統計室根據貨物進出口報單資料，定期編製海關進出口貿易統計，為顯示我國經貿動向，及政府釐定財經政策之重要參考資料。分設3科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 主任室 | 綜理統計室業務。 | 2800 |
| 簡任稽核室 | 襄理統計室業務。 | 2801 |
| 綜合科 | 進出口貿易統計資料之列印、編製、發布、提供與查詢服務；公務統計、指標統計之處理、統計資料庫之規劃與維護、統計資料分析、主計人事及行政庶務等。 | 2814 |
| 進口科 | 進口貿易統計範圍之界定、資料之檢核與分析、異常案件之處理、改進措施之擬辦等。 | 2806 |
| 出口科 | 出口貿易統計範圍之界定、資料之檢核與分析、異常案件之處理、改進措施之擬辦等。 | 2809 |