會計室掌理有關歲入、歲出及歲計等事項，分設3科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 主任室 | 綜理會計室業務。 | 1100 |
| 簡任稽核室 | 綜理會計室業務。 | 1101 |
| 歲計科 | 辦理預、決算之審核及彙編；辦理經費之流用、保留案件及預備金動支之申請；彙整預算分配及辦理經費調撥事宜；配合辦理重大施政計畫經費面向績效控管等。 | 1107 |
| 歲入科 | 辦理關稅徵課會計制度之修訂及推行事宜、審核及彙編所屬歲入會計事項、辦理會計人事業務、彙整外部稽核事項、辦理財產統制帳務事宜等。 | 1110 |
| 歲出科 | 辦理歲出會計事項、彙整歲出預算分配及經費控管、辦理會計憑證、表報送審事宜、辦理採購案件監辦事項、辦理會計審核事宜等。 | 1104 |