關務資訊組辦理有關海關資訊處理業務等，分設6科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 組長室 |
綜理關務資訊組業務。 | 2400 |
| 副組長室 |
襄理關務資訊組業務。 | 2401 |
| 簡任稽核室 |
督導進口應用服務科、行政資訊服務科、資通基礎建設科。 | 2472 |
| 簡任稽核室 |
督導資訊策略規劃科、出口應用服務科、資通資源管理科。 | 2402 |
| 綜合規劃科 |
負責資訊策略規劃與執行、資訊計畫提報與管控、委外採購專案管理、資訊概算籌編、預算執行與管控、公文收發與管控及國際關務資訊等。 | 2403 |
| 通關應用科 |
負責進口及出口通關系統之規劃、設計、維護與執行(含海空運進出口通關、入境旅客行李通關、貨價調查與審核、報關業管理及稅則作業等系統)。 |
2410 |
| 資安研創科 |
負責資安工作之策略及管理面業務(含資安管理系統、資安維護計畫、資安稽核、檢測與健診) 、AI應用、整合式數據分析平臺規劃及創新應用研究。 | 2417 |
| 行政應用科 |
負責關務行政系統之規劃、設計、維護與執行(含保稅、退稅、人事管理、查緝業務、關稅徵課、貿易統計及會計等系統)。 | 2424 |
| 連線應用科 |
負責本署對外資訊服務之規劃、設計、維護與執行(含關港貿單一窗口、訊息交換作業、內外部網站、跨機關車輛資訊平臺等)、通關網路經營許可辦法修訂及通關網路業者管理。 | 2304 |
| 資通營運科 |
負責本署資訊環境規劃、基礎設施管理與防護(含電腦主機、雲端平臺、網路系統、資安設備、資料庫、視訊會議系統等軟硬體設備)及資安技術面作業(含通報、應變與演練等)。 | 2311 |