關務查緝組掌理有關查緝法令及查緝業務之處理事項，分設6科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 組長室 | 綜理關務查緝組業務 | 2940 |
| 副組長室 | 襄理關務查緝組業務 | 2942 |
| 副組長室 | 襄理關務查緝組業務 | 2990 |
| 簡任稽核室 | 襄理關務查緝組業務 | 2947 |
| 簡任稽核室 | 襄理關務查緝組業務 | 2967 |
| 查緝企劃科 | 煙酒、偽農藥查緝、X光行李注檢、重點查緝成果季報、緝私季報統計表、貨櫃物抽查命中率、蒙特婁、海空運快遞、小三通、大港倡議、安康專案、治安會報、聯合查贓、反毒會議、毒品防制會報及相關查緝業務規劃及督導。 | 2970 |
| 科技查緝科 | 自備封條、被動式及主動式電子封條相關業務之處理、貨物風險控管系統維護及相關業務之處理、貨櫃/旅客行李/郵包/快遞儀器檢查及圖檔相關業務之處理、各關巡緝艇查緝業務之督導、巡緝艇汰換、新建之統籌規劃。 | 2946 |
| 情資情報科 | 國際及國內走私情資處理、智慧財產權邊境保護措施、進出口廠商及異狀廠商資料之分析、航前旅客資訊、戶役政系統、CITES及戰略性高科技貨品之通報分析、情資交流合作協議或備忘錄之洽簽等。 | 2941 |
| 風險管理科 | 海空運貨物通關專家系統篩選及控管條件維護、新風險管理、驗貨作業及廠商違規整合資料庫系統維護、關稅與內地稅相互勾稽案件之分析及處理、走私漏稅密報案件之處理。 | 2956 |
| 緝毒犬培訓科 | 種犬之篩選及配種、幼犬發展、幼犬照護、犬之照護、寄養家庭及社會化訓練志工計畫擬定及執行、緝毒犬及其他偵測犬訓練課程之規劃與執行、各關緝毒犬隊之督導考核、培訓中心參訪及反毒教化宣導之公務行銷、緝毒犬業務之國內與國際合作相關事宜等。 | 04-25589819 |
| 查緝法規科 | 查緝法令之整理及研修、查緝法令適用疑義之解釋、緝案處理（緝案處分及私貨處理）相關業務之研議及釋示、出入境旅客查緝之相關業務、保育類野生動植物之相關業務、限制或解除出國案件之擬辦、限制出國救濟案件之擬辦。 | 2945 |