督察室掌理關務風紀之預防與調查處理等事項，分設4科，職掌如下：
| 單位別 | 職掌 | 聯絡電話 |
|---|---|---|
| 主任室 |
綜理督察室各項督察業務。 |
1140 |
| 簡任稽核室 |
襄理督察室各項督察業務。 |
1141 |
| 督察一科 |
辦理基隆關相關督察業務。 |
02-24234802 02-24224223 02-24202951轉3010~4 |
| 督察二科 |
辦理臺北關相關督察業務。 |
03-3982318 03-3982831 03-3834265轉621~4 |
| 督察三科 |
辦理臺中關相關督察業務。 |
04-6561094 04-6565101轉421~2 |
| 督察四科 |
辦理高雄關相關督察業務。 |
07-5615232 07-5613251轉8105~6 |