一般貨物通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導、通關自動化法規及政策之研擬、修正、優質企業制度之規劃及管理、國際經貿協定及國際組織涉及通關業務事項、關稅配額政策及法令之研擬、暫准通關進出口通關事項。

快遞貨物通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導、郵包物品通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導、快速通關處理費相關事項、快遞貨物專區之設置與管理相關業務、其他有關快遞貨物及郵包物品通關業務事項。

通關相關業者之管理業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬、轉口及轉運之通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬、保稅運貨工具管理事項政策、法令訂定、修正、解釋之研擬、轉口及轉運貨物（櫃）通關業務、艙單、船用品、小三通貨物（櫃）及三角貿易通關相關業務、出、入境旅客行李通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬。

海關配合進出口貿易管理相關業務、海關代徵貨物稅、菸酒稅、營業稅、推廣貿易服務費及特種貨物及勞務稅業務、關稅及海關規費徵免業務、外銷品沖退稅業務、其他有關進出口簽審及稅規費業務事項。