由配屬本關巡緝艇負責近海錨地巡邏，對有走私紀錄之可疑船隻加強監視或實拖抄查。並由船舶檢查人員對進出港船隻實施重點抄查，尤其對於經常來往航行香港、東南亞、印度、南非及大陸地區之船隻加強過濾，就有走私紀錄或船員國籍身分可疑者特別注檢，並對毒品、槍械、洋菸酒、未經准許開放進口大陸物品及保育類野生動、植物加強查緝。
