(本關組織系統表圖示)

本關設有關務長1人，副關務長2人，主任秘書1人。業務單位包含業務一組、業務二組、保稅組、機動儀檢組，及稽查組。業務一組負責進口通關業務，下有進口一課進口二課驗貨課；業務二組負責出口通關業務，下有出口業務課法務緝案課麥寮業務課；保稅組負責保稅業務，下有保稅業務課保稅查核課中科業務課；機動儀檢組負責儀器查驗貨物業務，下有機動巡查課儀器檢查課；稽查組負責邊境巡緝業務，下有巡緝課檢查課。行政單位有人事室、主計室、秘書室、及政風室。