本關為一等稅關，置關務長一人，主持關務；置副關務長二人，協助關務長處理關務；另置主任秘書一人。本關設六組、五室、二分關，關務署督察室於本關另設有駐關辦公室。

--

│關務長 │ 副關務長（第一職務代理人） │ 副關務長（第二職務代理人） │ 主任秘書 │ 業務一組 │ 業務二組 │ 稽查組 │ 機動稽核組 │ 快遞機放組 │ 竹圍分關 │ 松山分關 │ 人事室 │ 主計室 │ 秘書室 │ 法務緝案組 │ 政風室 │ 資訊室