臺北關業務二組主要掌理保稅貨物進出口通關、保稅區業者設立及查核業務、新竹科學工業園區區內進出口貨物通關與保稅貨物查核業務及安全優質企業(AEO)之受理申請、認證、驗證、管理等業務。
保稅業務係指貨物進入保稅區不必繳稅，於加工出口後再予核銷，或於提領出倉進口時繳稅，以減輕業者生產成本，提升競爭力。本關轄管保稅地區包含新竹及花蓮縣以北地區之保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店、遠雄自由貿易港區及新竹科學園區事業等，辦理上述地區之進出口貨物通關及監管工作。另配合貿易全球化，刻正積極推動安全認證(AEO)優質企業認證，使買賣雙方之貨物在國際間移動更為順暢，並增強企業之全球競爭力，以期健全保稅制度。
