一、轉口貨物通關
（一）轉口貨物係指運輸工具由國外裝運暫時卸存貨棧，等待轉口國外之貨物（轉口貨物通關及管理作業要點第二點第一款）。
（二）轉口貨物卸置管制區內等待班機轉口者稱為機下直轉貨物。卸存轉口倉內等待班機轉口者稱為進轉口倉貨物。
（三）航空公司申報轉口貨物時，需以電腦連線傳輸轉口艙單（與進口貨物一併申報於進口艙單內，採無紙化作業）。經海關電腦邏輯檢查 合格即准予機下直轉或進儲轉口倉，採無紙化作業，海關不再另行核發書面准單。
（四）航空公司申報轉口貨物出口時，需以電腦連線傳輸轉口貨物出口艙單，經海關電腦邏輯檢查合格，即准其機下直轉出口或出倉出口，採無紙化作業，海關不再另行核發書面准單。
（五）航機由國外裝載貨物以國內班機運往高雄小港機場者，由航空公司製作出口艙單，比照轉口貨物作業方式處理。
（六）轉口貨物之管理採自動化作業，由電腦自動比對核銷。
二、轉運貨物通關
（一）轉運貨物係指國外貨物於運輸工具最初抵達本國口岸卸貨後轉往國內其他港口之貨物。
（二）報關人申報轉運貨物時，需以連線傳輸「轉運申請書」（採無紙化作業），經海關電腦邏輯檢查合格後自動銷艙並產生通關方式。
- 轉運加工出口區（轉運關別DT、BK、BN、BQ）及科學園區（轉運關別BS、CS、DS）廠商之貨物，比照保稅工廠進口保稅貨品通關作業，得由區內廠商及委任之報關行聯名檢具長期委任書，長期承諾書，向本關申請長期委任方式申報轉運貨物，本關核可後將廠商統一編號、關別及報關行箱號等資料鍵入電腦。申報轉運時，經由電腦邏輯檢查資料相符者除酌抽百分之五（可視實際需要調整），列為C3（應驗）外，其餘均列為C1（免審免驗）。
- 轉運高雄國際機場（轉運關別BF）之一般進口貨物，其目的地為高雄，故僅由各航空公司及委任之報關行聯名檢具長期委任書及長期承諾書申報轉運貨物即可，其餘流程與前述相同。
- 轉運各國際港口（轉至關別為AA、AS、AH、DA、BA、BC、DM）之船用品，因收貨人分散，無法按前述方式由電腦作邏輯檢查，亦未能以長期委任報關，仍需逐案檢送書面文件到關。
（三）電腦核定為C1之案件，依貨物存放處所之倉庫監管單位之電腦自動列印轉運准單，報關人無須檢送轉運申請書及有關文件送進口業務艙單單位；C3案件應檢送轉運申請書（含承諾書）及委任書（採長期委任者單免附委任書）等有關文件到關，分別經審核及查驗，並經放行後，由電腦列印轉運准單。
（四）轉運准單一式四聯，第一聯及第二聯隨車封交目的地海關，第三聯由報關人連同提單持憑繳納倉租及提領貨物，第四聯由駐庫海關存查並核銷規費，自八十六年九月十七日起改由本關快遞機放組及竹圍分關駐庫單位列印轉運准單，並實施二十四小時核發准單及監視裝運保 稅卡車作業
（五）轉運貨物通關作業流程圖 (請參考下方相關檔案下載)
洽詢單位：業務一組徵稅課
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