海關創始成立於清朝咸豐四年（1854年），原名「海關總稅務司署」，民國成立以後，其組織制度，一直沿襲下來，直到「財政部關稅總局組織條例」經立法院三讀通過，總統於80年2月1日明令公布後，正式改名為「財政部關稅總局」，並於102年1月1日配合行政院組織改造，與財政部關政司整併成立財政部關務署。

海關早期除徵收關稅外，引進西方的新觀念與新制度，並參與中國許多自強運動，諸如籌建海軍、港務、郵政、助航設備、氣象、教育、外交等。其中港務（原隸屬海關海務部門，惟遷台後不再管轄港務）、郵政曾由海關代辦，後來港務局、郵政總局成立，始分別移交其接管。

本署為我國關務政策規劃、推動、督導及關務法規擬訂之機關，隸屬財政部，掌理關稅稽徵、查緝走私、保稅、貿易統計及接受其他機關委託代徵稅費、執行管制。近年來並不斷積極實施各項業務改進措施，如：進、出口貨物通關自動化、關港貿單一窗口服務、入境旅客紅綠線通關等作業、優質企業認證與管理機制、跨機關簽審會辦電子化作業、貨物風控系統與電子封條、成立緝毒犬培訓中心等，提供便捷及安全的優質通關環境，並以「精進通關作業、提升便捷效能」為願景，發揮邊境守護者角色，以促進國家經濟發展。