「貨物通關自動化」係將海關辦理貨物通關的作業與所有相關業者及相關單位，利用「電腦連線」，以「電子資料相互傳輸」取代傳統「人工遞送文件」；及以「電腦自動處理」替代「人工作業」，俾加速貨物通關。在自動化通關架構下，報關資料經由「通關網路」通過海關之「專家系統」將貨物篩選為3種通關方式：C1（免審免驗通關）、C2（文件審核通關）、及C3（貨物查驗通關）。空、海運進、出口貨物通關自動化系統分別於81年11月及83年11月陸續上線。目前連線比率已達99﹪以上，除少部分簽審機關外，亦均已連線。