規費與一般稅費繳納方式並無不同。繳費義務人或業者於收到國庫專戶存款收款書後，應於14日內持該繳款憑證至台灣銀行駐海關收費處或代徵稅費金融機構臨櫃繳納，亦可採EDI線上扣繳方式繳費或透過稅費平台及海關網際網路稅費繳納系統(關港貿單一窗口)繳納。
