本關設關務長1人，並置副關務長2人襄理關務，主任秘書1人，下設業務一組、業務二組、稽查組、倉棧組、法務緝案組、機動稽核組等業務單位；及秘書室、資訊室、主計室、人事室、政風室等內部單位；另因業務轄區遼闊，為服務商民，除關本部於基隆港區外，更分設五堵分關、八里分關、桃園分關、花蓮分關等一級派出單位為通關據點，辦理關務業務。

各單位職掌說明

1. 業務一組掌理有關海運進口貨物與入境旅客不隨身行李之查驗、分估、徵課等進口通關及出口貨物查驗事宜。

2. 業務二組掌理海運出口貨物通關、進(C2、C3)、出口報單審核及副報單核發；報關業、倉儲業及保稅運貨工具等設立、登記。

3. 稽查組掌理基隆港東西岸碼頭貨櫃檢視、船舶抄查、儀檢及台美貨櫃安全計畫(CSI)、行李檢查、緝毒犬業務、碼頭巡視、竹南-三貂角海域海上查緝、海隆巡緝艇及關艇之指揮管理暨無線電監理業務等事宜。

4. 倉棧組掌理基隆港區貨櫃監理、各貨棧、貨櫃集散站、自由貿易港區事業、免稅商店、保稅倉庫之監管等事宜。

5. 法務緝案組掌理緝私案件、充公私貨及逾期貨物之處理等事宜，及有關法令之研議、諮詢、審查、國家賠償事件之處理、欠繳案件之移送強制執行及處理等事宜。

6. 機動稽核組掌理抽核(複驗)進口、出口及轉口貨(櫃)物、進出口旅客行李、郵遞貨物及調岸船員行李、情資通報、密報及市面查緝案件之處理、事後稽核案件之處理等事宜。調查進口貨物價格及行政救濟案件之辦理。

7. 秘書室掌理有關印信、機要、文書、檔案、庶務、營繕、出納、企劃、考核、公共關係及核稿等事項。

8. 資訊室掌理資訊相關業務，包括資通安全、電腦硬體維護、通關系統及行政系統輔導、內外網站維護等事項。

9. 主計室掌理歲入類、經費類會計之帳務處理及會計憑證之事前審核、年度預算編列、採購監辦業務、主計人事、預算執行考核等事宜。

10. 人事室辦理人事業務，包括任免、遷調、組織編制、獎懲、考績、訓練進修、勤惰、退休、撫卹、待遇福利等。

11. 政風室掌理政風預防、查處、機密維護及安全維護等事項。

12. 五堵分關掌理五堵、六堵、七堵、汐止之進出口貨物通關事宜。

13. 八里分關掌理臺北港地區地區之進出口貨物通關事宜。

14. 桃園分關掌理桃園周邊(南崁、貿聯)之進出口貨物通關事宜。

15. 花蓮分關掌理馬祖、蘇澳、花蓮、和平港區之進出口貨物通關、行李檢查及和平-台東(含綠島)，三貂角-和平海域海上查緝，海清海恩巡緝艇、關艇之指揮管理暨無線電監理業務等事宜。

如欲瞭解本關各單位職掌詳細內容及聯絡資訊，請點選下列各單位連結。

| 關務長 | 副關務長（第一職務代理人）| 副關務長（第二職務代理人） | 主任秘書| 業務一組 | 業務二組 | 稽查組 | 倉棧組 | 法務緝案組|機動稽核組 | 秘書室 | 資訊室 | 主計室 | 人事室| 政風室 | 五堵分關 | 八里分關 | 桃園分關 | 花蓮分關 |