| 單位名稱 | 業務職掌 | 聯絡電話 | 分機 | 地址 |
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| 倉棧組 | 掌理基隆港區貨櫃監理、各貨棧、貨櫃集散站、自由貿易港區事業、免稅商店、保稅倉庫之監管、海運快遞貨物通關業務等事宜。 | 24273962 | 基隆市港西街6號 | |
| 監理課 | 貨櫃監理。 | 24202951 | 1261 | |
| 監理一股 | 貨櫃監理。 | 24248124 24232377 |
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| 監理二股 | 貨櫃監理。 | 24248124 24232377 |
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| 監理三股 | 貨櫃監理。 | 24248124 24232377 |
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| 監理四股 | 貨櫃監理。 | 24248124 24232377 |
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| 倉庫課 | 保稅倉庫管理、貨櫃集散站稽核、免稅商店管理、自由貿易港區業務。 | 24202951 | 1211 | |
| 倉庫一股 | 聯興、中華貨櫃集散站稽核。 | 24261917聯興 24569538中華 |
663
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| 倉庫二股 | 基隆港自由貿易港區事業監管、東西岸昇恆昌免稅商店。 | 24202951 | 1220、1221、1213、1223、1244 | |
| 倉庫三股 | 中央、世邦貨櫃集散站稽核、永聯、詮瑞福、三禾、立煜、環宇保倉駐庫。 | 24972853中央 24978757世邦 77096820永聯 24966309詮瑞福 24575556三禾 24591171立煜 24579666環宇
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2167
108
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| 倉庫四股 | 台基、中國、陽明、基隆港貨櫃集散站稽核。 |
24216609台基 86430154中國 24292329陽明 24206385基隆港
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802
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| 海運快遞課 | 海運快遞貨物通關業務。 | 24211170 | 2003 | |
| 海運快遞一股 | 基隆港國際物流股份有限公司海運快遞貨物通關業務。 | 24211170 | 2002 | |
| 海運快遞二股 | 台基國際物流股份有限公司海運快遞貨物通關業務。 | 24260789 | 601 |