自由貿易港專區
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自由貿易港區貨物通關作業規定簡介
一、自由貿易港區貨物通關作業方式：
（一）通報-國外貨物進儲自由港區、自由港區貨物輸往國外或轉運至其他自由港區，自由港區事業均應向海關通報，並經海關電腦回應紀錄有案，始得進出自由港區。自由港區事業於發貨前向海關通報後，其貨物得在區內逕行交易、自由流通。
（二）通關-自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區、保稅區貨物輸往自由港區，應依貨品輸出入規定辦理，向海關辦理通關事宜。
二、國外貨物進儲自由港區事業之通報程序：
國外貨物進儲自由港區事業時，自由港區事業應向海關傳輸F1報單通報，經海關以電腦回應紀錄有案，憑以進儲。
三、自由港區事業貨物輸往國外之通報程序：
自由港區事業貨物輸往國外時，由貨物輸出人於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸F5報單通報出口，經海關電腦回應紀錄有案，憑以裝船(機)出口。
四、自由港區貨物運往其他自由港區之通報程序：
自由港區事業貨物運往其他自由港區時，由自由港區事業於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸F4報單通報轉運，經海關電腦回應紀錄有案，憑以出進區。
五、自由港區事業貨物輸往課稅區、保稅區之通關程序：
自由港區事業貨物輸往課稅區或保稅區，於進儲港區貨棧後，由納稅義務人向海關傳輸F2、B6、D8報單，依相關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，憑以出區，並依國外貨物進口及進儲保稅區相關規定辦理。
六、課稅區貨物輸往自由港區事業之通關程序：
課稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人將貨物運入港區貨棧後，向海關傳輸F4報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業。
但貨物輸出人不辦理沖退稅，且貨物符合相關輸出規定者，逕憑發票或載貨單運入自由港區事業；課稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。
七、保稅區貨物輸往自由港區事業之通關程序：
保稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸B8、B9、D5報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業；保稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。
八、自由港區區內貨物交易之通報程序：
自由港區事業貨物區內交易，由自由港區事業傳輸F3報單向海關通報。
九、自由港區事業向海關申請將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託加工者，應符合下列條件之一：
（一）從事加工、製造之自由港區事業得因製程垂直、橫向整合，或彌補產能不足時之需求申請委託港區外廠商加工。
（二）從事物流之自由港區事業，得申請委託區外保稅區或課稅區廠商作重整或簡單加工。但以貨物經重整或簡單加工後，仍能辨識其原狀者為限。
（三）從事物流之自由港區事業，其委託加工對國家經濟有重大影響，經主管機關專案核准者，得委託區外廠商作實質轉型加工。
十、委託課稅區、保稅區修理、檢驗、測試、委託加工之通關程序：
經核准辦理委託課稅區或保稅區修理、檢驗、測試、委託加工之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回，應依自由貿易港區貨物通關管理辦法第6條規定辦理通關手續或按月彙報，並登錄相關帳表。
十一、自由港區事業免稅之貨物輸往課稅區展覽之通關程序：
自由港區事業得填具出區展覽申請書，並檢附相關文件，向所在地海關申請將免稅貨物輸往課稅區展覽。
前項將免稅貨物輸往課稅區展覽之案件，得免提供擔保，但其貨物輸往課稅區及由課稅區運回時，應依自由貿易港區貨物通關管理辦法第6條規定辦理通關手續，並登錄相關帳表。
十二、自由港區事業向海關申請將免稅貨物委託區外廠商修理、檢驗、測試、委託加工時，應檢附下列文件：
（一） 自由港區事業之公司登記或商業登記之證明文件及港區事業營運許可影本。(僅首次申請者須檢附)。
（二） 受託廠商公司登記影本；受託加工案件另檢附工廠登記證影本。
（三） 修理、檢驗、測試、委託加工合約書或經雙方簽署之訂單。
（四） 委託加工案件並檢附加工前後之樣品或圖說、說明加工過程及所使用或添加之原料（含用料清表）。
（五） 如須經主管機關專案核准加工之案件，應檢附專案核准函。
十三、自由港區事業申請將免稅貨物委託區外廠商加工，應依下列方式辦理：
（一）受託之區外廠商以已辦妥工廠登記之工廠為限，且其生產製造項目應與受委託之項目相符。應設置專區存儲受託貨物，設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備管理機關或海關查核。
（二）委託加工貨物以管制貨品以外之貨品為限。所稱「管制貨品」，依據相關貿易、關務法規及參照財政部101年11月8日 台財關字第10100653890號令，係指下列物品：
1、關稅法第15條第1款、第2款規定不得進口之物品，及第3款規定不得進口或禁止輸入且違反相關機關主管法律規定，應予沒收或沒入之下列物品：
（1）動物用藥品管理法第4條及第5條之動物用偽藥、禁藥。
（2）農藥管理法第6條及第7條之禁用農藥、偽農藥。
（3）警械使用條例第1條之警械。
（4）菸酒管理法第6條之私菸、私酒。
（5）藥事法第20條及第22條之偽藥、禁藥。
（6）藥事法第40條之醫療器材。
（7）化粧品衛生管理條例第7條第1項之含藥化粧品及第8條之化妝品色素。
（8）植物防疫檢疫法第14條及第15條規定禁止輸入之植物、植物產品及物品。
（9）動物傳染病防治條例第33條之禁止輸入動物及其產品類之檢疫物。
2、行政院依懲治走私條例第2條規定公告之「管制物品管制品項及管制方式」。
3、臺灣地區與大陸地區貿易許可辦法規定不得輸入之大陸物品。
4、經濟部依有關貿易法規管制輸入或輸出之物品。
（三）貿易法規範屬「限制輸入貨品及海關協助查核輸入貨品彙總表」之貨品，除前款所列管制物品外，得辦理委託加工。該類貨品輸往課稅區委託加工，應依現行輸入規定，取得主管機關核發之許可文件或證照辦理通關 作業。
（四）受託加工之課稅區廠商所添加之進口原料，除其屬自由貿易港區設置管理條例第26條第2項各款所列者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定申請退稅；保稅區業者所添加之保稅原料，得申請除帳。
十四、自由港區事業有下列情事者，應向海關申報補稅：
（一）自行發現存儲貨物遭竊者。
（二）自行盤點發現存儲貨物少於帳面結存數者。
（三）運往課稅區修理、檢驗、測試、委託加工、展覽之免稅貨物，屆期未運回自由港區者。
（四）運往課稅區修理、檢驗、測試、委託加工、展覽之免稅貨物，經核准展延，未於展延期限屆滿前運回自由港區者。
（五）將運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者。
（六）作業過程中產生之廢品、下腳，其有殘餘價值部分。
十五、自由港區事業年度盤點，應辦理下列事項：
（一）自由港區事業應於盤點日前2週提供盤點計劃，通知海關並經海關確認。
（二）年度盤點日期，距上年度盤點日最少不得少於10個月，最多不得超過14個月，有特殊情形，經事先報請海關核准，得酌予提前或延後。。
（三）自由港區事業於盤點結束後，應依供營運貨物及自用機器、設備二類分別造具盤存清冊及結算報告表，於盤點結束之翌日起1個月內送海關備查；必要時得於期限屆滿前，向海關申請展延1個月。
（四）依規定辦理備查時，若產生盤虧，應向海關辦理補稅；產生盤盈，應提出說明並於帳冊補登數量。
十六、自由港區事業自由港區事業經核准結束營業、廢止或撤銷營運許可時，應辦理事項如下：
（一）自由港區管理機關核定之翌日起停止免稅貨物進儲。
（二）自由港區管理機關核定之翌日起二週內辦理結束盤點，並依規定造送盤存清冊及結算報告表。
（三）免稅貨物、自用機器、設備如產生盤虧，應向海關辦理補稅，餘存之貨物於辦理轉儲、稅費徵免或復運出口前，由自由港區管理機關監管。
十七、自由港區事業貨物料號編訂，應依下列方式辦理：
（一）業者若有自訂之料號編訂方式，可向海關報備，提供海關參考。
（二）進儲之貨物非供重整、加工、製造使用者，得依報單號碼加項次，編為該項貨物料號。
（三）進儲之貨物如經重整、加工、製造改變原貨物料號、名稱、規格、型號者，應事先編訂各項進儲原料貨物，及製成品專屬料號。
（四）除（二）之方式者外，編訂方式應具一貫性，不同批次進儲之相同貨物，應為同一料號。
（五）相同之貨物，若有外國產製貨物及國產貨物，應編列不同料號，分別登錄貨物帳；出區貨物無法證明為國產非保稅或進口已稅貨物者，以未稅外國產製或國產保稅貨物處理。
十八、自由港區事業進儲未開放大陸物品管理：
（一）自由港區事業依本條例第15條規定，自國外或自保稅區進儲未經公告准許輸入大陸地區貨物，應編列不同料號，以「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」註明「未開放准許輸入之大陸地區貨物」（簡稱「未開放准許輸入之大陸地區貨物」帳）登錄，獨立設置帳務，與一般營運貨物帳區分管理，並設專區儲放，設置明顯標誌，以資識別。
（二）自由港區事業進儲未經公告准許輸入大陸地區貨物，其產製之次品與呆料等，非經經濟部國際貿易局核准，不得輸往課稅區。。
（三）自由港區事業進儲未經公告准許輸入大陸地區物品不得申請區外修理、檢驗、測試、委託加工。
十九、外貨進儲自由港區，F1報單填報事項如下：
F1報單填報資料內容比照G1報單辦理，另特殊填報事項如下：
1、自由港區事業自國外進儲供營運貨物，依下列辦理：
（1）「報單號碼」依一般進口報單之編號填報，其「收單關別」填報如下：
A、自由港區事業所在地通報案件：自由港區事業之所在地海關關別代碼。
B、貨物存放處所非屬自由港區事業所在地或非屬自由貿易港區內通報案件：
（A）貨物存放處所之管轄海關關別代碼。
（B）貨物存放處所為本關所管轄且海關設有保稅通關單位者，應填報其關別代碼（如高雄關為BB、BJ、台北關為CB、台中關為DB）；其餘則依各通關單位之關別代碼填報。
（2）「納稅義務人海關監管編號及統一編號」欄填報進儲之自由港區事業海關監管編號及統一編號，不得空白或錯誤。
（3）「買方料號」欄不得空白。
（4）「納稅辦法」欄為9A、9B、9C。
（5）「貨物存放處所」欄填報如下：
A、自由港區事業所在地通報案件：本自由港區內之倉儲業者代碼（含貨櫃集散站、進口貨棧、港區貨棧）。
B、貨物存放處所非屬自由港區事業所在地或非屬自由貿易港區內通報案件：貨物存放處所倉儲業者代碼（含貨櫃集散站、進口貨棧、港區貨棧）。
2、自由港區事業進儲自由貿易港區設置管理條例第16條規定，須於進儲前經各該目的主管機關核准之物品者，應於「輸入許可證」欄填報主管機關之許可或同意文件號碼。主管機關證號若有包括中文者，通報時將中文略過僅填報其數字號碼。
3、貨物存放處所非屬自由港區事業所在地或非屬自由貿易港區內通報案件放行後，憑放行附帶條件「5」（加封）及「8」（自由貿易港區專用車隊運送）作業進儲自由港區事業。
4、「其他申報事項」欄：
（1）貨主為國內廠商者：應於本欄位第1至8碼報明「實際進口人國內廠商統一編號」，另註明「本批貨物為○○○自由港區事業代○○○國內廠商通報進儲」。
（2）貨主為國外廠商者：應於本欄第1至8碼報明「FFF加上進儲自由港區事業之海關監管編號為實際進口人代碼」，另註明「本批貨物為○○○自由港區事業代○○○國外廠商通報進儲」。