依「自由貿易港區設置管理條例」第 17 條第 1 項規定，自由貿易港區貨物輸往國外時，均應向海關通報，並經海關電腦回應紀錄有案，始得出自由港區。 自由港區事業貨物跨區運送經非管制區（內陸貨櫃集散站、內陸航空貨物集散站）出口，若符合「自由貿易港區申請設置辦法」第 6 條第 1 項第 2 款之規 定，或以自由貿易港區專用車隊運送及貨櫃（物）動態資料庫控管替代者，則可以F5 報單通報方式辦理裝船（機）出口。