1. 清朝咸豐8年(西元1858年)中英、中法天津條約開放安平、淡水兩港為通商口岸。同治2年(西元1863年)在台灣北部設立淡水海關暨基隆關支關。
2. 清朝光緒21年(西元1895年)中日甲午戰爭之後，台灣割讓給日本，同年6月起日本海關接管台灣關務50年，迄民國34年(西元1945年)台灣光復為止。
3. 台灣光復後，民國34年12月1日海關總稅務司署奉命接收台灣關務，在台北市設立台北關稅務司公署(本關前身)，管轄台灣省濁水溪以北之通關事務，並於基隆設立支關。
4. 民國36年9月1日，台北關稅務司公署遷至基隆，同時裁撤基隆支關。
5. 民國58年7月1日，海關為因應業務成長，加強組織功能，重新調整關區，劃分業務，將台北關稅務司公署原轄退稅課及位於台北市之駐台北機場支所、駐台北郵局支所，劃歸新設立之財政部台北關管轄，原台北關稅務司公署則改名為財政部基隆關。
6. 民國80年2月3日，為因應組織法制化，財政部基隆關正式改制為財政部基隆關稅局。
7. 民國102年1月1日，為配合政府組織改造，財政部基隆關稅局改制為財政部關務署基隆關。
8. 本關自清朝同治2年(西元1863年)成立至今，歷經清朝、日治、民國3個時代，已有160餘年歷史。