本關為我國關務之執行機關，關務工作具多元性，除關稅稽徵、查緝走私、保稅退稅及接受其他機關委託代徵稅費業務外，尚須配合國家經濟發展政策，執行貿易管理、創造良好投資環境、促進國家經濟發展、維護國家安全及保障社會安寧。近年賡續積極實施各項業務簡化服務措施，如：建置貨物通關單一窗口化作業、稅則預先審核線上申辦、建置電子封條押運系統、成立緝毒(菸)犬隊、貨櫃(物)檢查儀查驗作業、協同邊境管理查驗作業、AEO優質企業安全認證及入、出境旅客行李通關等作業，以提升關務行政效率，精進為民服務品質。

以下為本關主要業務：

1.稽徵業務：
針對申報進出口貨物，進行報關文件審核及貨物抽驗，並依據相關法令，對進口貨物課徵關稅，通關後得實施事後稽核。

2.查緝業務：
為防止走私貨物進出口，針對航行國際航線之船舶、航空器及其載運之貨物等，執行檢查或查緝作業。

3.保稅業務：
保稅業務係辦理保稅倉庫、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、免稅商店及物流中心等保稅區之進出口貨物通關業務。

4.國際郵包業務：
本關分別在高雄郵局及台南郵局派駐人員辦理進出口郵包通關業務。

5.旅客行李檢查業務：
辦理高雄國際機場、高雄港、金門碼頭(料羅港及水頭港)、澎湖馬公機場、臺南機場等入出境旅客通關之行李檢查業務。

6.代辦業務：
除受託代徵進口貨物之貨物稅、營業稅、菸酒稅及推廣貿易服務費等稅費，並代為執行其他主管機關進出口管理規定。

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