明清時期，高雄僅是個小漁村，官方稱「打鼓」，而民間稱「打狗」，兩者都是現今高雄港沿海平埔族、馬卡道族的發音，意思指附近遍植樹林，如水筆仔，紅樹林、紅茄苳、海茄苳……等。荷蘭人稱高雄為旦可阿，不同時代，考誌專家亦有不同稱呼，如「打狗仔港」、「打鼓港」或「西港」。1920年，日本人以「打狗」的日文讀音，改名為「高雄」。1860年（清咸豐10年）清廷根據中英、中法天津條約，開放台灣南部之安平港及台灣北部之淡水港為通商口岸。1863年（清同治2年）清廷首度在台灣設立淡水海關及基隆支關。同年12月在高雄旗后設立高雄支關，此為本關初創，亦為高雄港初設海關，迄今已有148年歷史。

1858年（清咸豐8年）簽訂天津條約，開放台灣為通商口岸，當時開放的港口有淡水及安平，打狗港因地理環境優越，亦受到相同矚目。

1863年10月，清廷頒訂「打狗港暫行章程」，開放打狗港作為安平港的外港，這是高雄港開埠的起點，從淡水海關派一名總巡進駐旗后，負責外國船舶進出港檢查。根據「打狗港暫行章程」規定，停泊打狗港的船隻先到福州繳保證金再到廈門或淡水繳納進口稅。因為辦法繁瑣且不切實際，引起列強的抗議，要求在打狗與安平分別設置海關。

1864年5月5日，英人William Maxwell至打狗港開辦海關，次年於台南府城設立分關，此乃高雄海關之濫觴。

1895年（清光緒21年）中日甲午戰後，簽訂馬關條約，將台灣割讓給日本，打狗僅設稅關支署，隸屬於安平稅關。後隨高雄港開建成功，並為南台灣最重要國際港，乃於民國23年7月，日本人再將台灣劃分為基隆、高雄兩大關區，正式成立高雄稅關與基隆稅關，同為台灣南北兩大海關。高雄海關與基隆海關分別統轄台灣南、北兩地關務事宜。

民國34年10月，我國對日抗戰勝利，海關總稅務司署奉命接收台灣關務，以台灣中部濁水溪為界，劃分為台北、台南兩關區。中央政府海關總稅務司署派張申福稅務司接收高雄稅關，同年12月1日完成接收並改稱「台南關」，與「基隆稅關」之改稱「台北關」相對等。

民國58年7月更名為財政部高雄關。

民國80年2月海關為因應組織法制化，再更名為財政部高雄關稅局。

民國102年1月因應組織改造，又更名為財政部關務署高雄關。

目前關務署高雄關轄區包括嘉義縣以南之嘉義、台南、高雄、屏東、台東諸縣市、澎湖列島及金門地區，區內有嘉南平原、屏東工（農）業區、工商業重鎮-高雄市、高雄港及高雄國際機場。為服務商民就近完成通關程序，於關務署高雄關下設業務一組、業務二組、稽查組、儀檢組、機動稽核組、法務緝案組，及小港分關、旗津分關、高雄機場分關、嘉南分關10個單位，分別就近辦理轄區業務，掌理涵括金門、澎湖及台南、高雄科學工業園區等通關業務。

關務署高雄關關本部大樓，日據時代為「台南關」原址，為一棟二樓混泥土造樓房，於民國25年8月1日建造完成，座落於高雄港西岸（高雄市鼓山區捷興一街三號），建築面積為610坪，嗣經歷年擴建，增建至民國77年總建築面積為2,720坪。又鑑於高雄港貨物，進出口量急速增加，報單檔案及辦公人員擁擠，復於民國80年興建辦公大樓，與原舊大樓毗連而建，建築面積2,810坪。

自打狗海關到現今關務署高雄關，近150年，隨著打狗港（高雄港）之擴建，跟著同步成長，尤其政府遷台後，歷經40年經濟成長，創造「台灣奇蹟」，也通過了台灣金融風暴的考驗，高雄海關與高雄港同步穩健成長，貢獻許多心力，功不可沒。為提昇國際競爭力，並與國際接軌，高雄海關將持續努力，與高雄港共存共榮，永續發展。

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