清同治2年12月(西元1863年）清廷在高雄旗后設立高雄支關，此為本關初創，亦為高雄港初設海關；民國102年配合政府組織再造，本關更名為財政部關務署高雄關。

    本關扼守臺灣南部國境大門，肩負關稅稽徵、查緝走私、便捷通關及接受其他機關委託代徵稅費、執行邊境管制等任務；轄區遼闊，包括嘉義、臺南、高雄、屏東、臺東諸縣市、澎湖列島及金門地區；業務性質多元，服務項目包括海空運進出口貨物、海空運旅客、國際郵包及保稅業務等各項通關服務及查緝業務。

    為服務商民就近完成通關程序，並辦理其他關務業務，本關下設業務一組、業務二組、稽查組、儀檢組、機動稽核組、法務緝案組、小港分關、旗津分關、高雄機場分關、嘉南分關10個業務單位。

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