本關設關務長1人，副關務長2人襄理關務，主任秘書1人，下設業務一組、業務二組、稽查組、儀檢組、機動稽核組、法務緝案組、小港分關、旗津分關、高雄機場分關、嘉南分關等業務及通關單位；及秘書室、主計室、人事室、政風室、資訊室等內部單位。

各單位職掌說明

業務一組
掌理高雄港第1至29號碼頭及部分保稅貨物通關、高雄郵局郵包通關，及本關專案記帳免稅、進口報單審核、理單與相關業者管理業務。

業務二組
掌理高雄港第一、二貨櫃中心、第30至67號碼頭貨物通關、監管與稽查業務。

稽查組
掌理高雄港陸上、海上及鄰近海域查緝、稽查及海務業務、國際客輪入出境旅客檢查及船員行李檢查。 

儀檢組
掌理高雄港第一、二及四至六貨櫃中心儀檢查驗、篩檢抽核及大港倡議、CSI、輻射安全業務。
     
機動稽核組
掌理進(出)口貨物、行李郵包抽核及複驗、市面查緝、緝毒犬勤務、情資分析、事後稽核及C1進(出)口報單事後審核業務。 

法務緝案組
掌理法制作業及緝私案件處理業務。

人事室
掌理人事業務。

秘書室
掌理採購、營繕、出納、文書、檔案、機要、公關、企考等業務。

主計室
掌理會計業務。

政風室
掌理政風業務。

資訊室
掌理資訊相關業務，包括通關系統、行政系統輔導及資通安全、電腦硬體及內外網站系統維護等事宜。

小港分關
掌理高雄港第三、五、六貨櫃中心、第68至70號、第75至81號、第108至111號碼頭貨物通關、監管及稽查業務。

旗津分關
掌理高雄港第四貨櫃中心、第115至122號碼頭貨物通關、監管及稽查業務。

高雄機場分關
掌理高雄國際機場、臺東機場(國際線包機)、離島(金門、澎湖、綠島及琉球)地區之貨物及旅客行李通關、監管及稽查業務。

嘉南分關
掌理嘉義以南保稅工廠、科學園區、科技產業園區、農技園區等保稅貨物通關、查核及臺南郵局、安平港、布袋港、臺南及嘉義機場關務業務。