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本署現行組織,置署長1人、副署長2人、研究委員、主任秘書1人,設綜合規劃、通關業務、關務查緝、調查稽核、稅則法制、關務資訊等6組;秘書、人事、會計、統計、督察、政風等6室。各組室下得分科辦事。
本署下轄基隆、臺北、臺中、高雄等4關,各關下則設組、室。各關為應業務需要得於轄區內必要地點設分關,目前計有10分關,各組、室、分關下得分課、股辦事。

組織架構圖
民國105年8月4日
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